O CCISP é um órgão colegial com várias competências. Além da co-representação dos seus membros, a sua principal competência é a emissão de pareceres e posições sobre assuntos que digam respeito a matérias relacionadas com o ensino superior. Trata-se, pois, de um órgão de consulta do ministério com a tutela do ensino superior, sendo, igualmente, chamado a tomar posição junto de outras entidades, como a Comissão de Educação e Ciência da Assembleia da República.