José Fragoso de Lima frequentou os liceus de Beja e de Faro. Licenciou-se em Ciências Histórico-Filosóficas, na Faculdade de Letras, da Universidade de Lisboa. Apresentou como dissertação de licenciatura a Monografia Arqueológica do Concelho de Moura.

O historiador teve uma vasta carreira de docência, tendo passado por liceus em Ponta Delgada, no Porto, em Lisboa e Évora. Em Moura, foi director da Escola Industrial e Comercial de Moura e da Escola Preparatória Frei Baltazar Limpo. Foi também director honorário da Biblioteca e Museu de Moura.

Entre a carreira científica, destaca-se a participação de José Fragoso de Lima em várias escavações arqueológicas em Espanha, no Norte de África e em Itália.